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O financiamento opera em fluxo contínuo, não havendo editais para submissão dos projetos para avaliação.
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Manual de Operações das Unidades EMBRAPII
O Manual de Operação das Unidades EMBRAPII fixa conceitos, critérios e procedimentos para a aplicação dos recursos financeiros e estabelece normas de operação para o Sistema EMBRAPII. O princípio é assegurar autonomia às Unidades EMBRAPII na identificação das demandas das empresas e na execução conjunta de projetos de inovação, estabelecendo, em contrapartida, metas para o seu desempenho.